各个操作系统上安装BioPerl

Perl的模块有两类,一类是内置在Perl中的,比如小驼书中提到的CGI,File::Basename等,所以你无须另外下载安装这些模块即 可使用它们;另一类则是与Perl相分离的,所以你要下载并安装才可以使用它们。很不幸,BioPerl属于后者。而且,安装过程对某些人某些电脑来说不 是很容易。
首先,如果你恰巧跟上了因Ubuntu10.04的发行带来的Linux崇拜潮流,已经成功抛弃了Windows Xp转向Ubuntu的话,那么恭喜你,安装BioPerl和安装gimp之类的应用软件一样简单! :P 打开新立德软件包管理器,输入BioPerl搜索,出现的第一项就是(目前的版本是1.6.1),然后右键点击选择“安装”,系统就会自动把所有依赖的软 件包全部安装上。怎么样,是不是很方便呢?而且将来某一天若BioPerl有了更新,可以很方便地使用新立德来升级。

当然,如果大家都这么方便的话,我就不用写这篇文章啦!对于使用其他Linux和Unix系统的人来说可能未必有这种软件包管理器(即使有,在软件源里也 未必有BioPerl的安装文件)。但是所有的类Unix系统应该都支持“源代码编译安装”的方式(这是不少Linux高手自认为很酷的装软件方法,哪怕 现在还有好多人在用。新手最好不要用,很容易出现问题)。
对于这些类Unix系统的用户来说,安装BioPerl和安装一些普通的软件方法是一样的,步骤是:
(1)下载BioPerl的源代码,并解压。我提供两个网址:
http://bioperl.org/DIST/BioPerl-1.6.1.tar.gz
http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.1.tar.gz
(2)进入该目录,然后执行下列命令:

$ perl Build.PL
$ ./Build test
# ./Build install

 

注意:执行./Build install时必须要有系统管理员权限。
这种方法看起来好像挺简单的,但其实不太容易。因为BioPerl和许多其他模块有依赖关系,所以在安装过程中系统会反复询问你是否要安装XX模块。你最 好要在连接Internet的情况下安装才行。如果你只想用BioPerl的核心模块,不想使用额外附加功能,可以选择不安装。但我不敢保证以后使用是否 会出现问题。

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      接下来要处理最麻烦的一种操作系统:Windows。因为在Windows上使用“源代码编译安装”并不容易(甚至可以说就是不行的!)。
如果你的英文水平还不错,请阅读以下文章:
http://www.bioperl.org/wiki/Installing_Bioperl_on_Windows
如果你实在不想看英文,请跟着我走:
相信大多数Windows用户应该是使用ActivestatePerl的版本,首先确保它是最新的。安装BioPerl有两种方式:
(1)使用ActivestatePerl的PPM(Perl包管理器)来安装。这种方法速度很慢,如果你机器配置不够好的话只有等着死机。
(2)使用命令行模式安装。这种方法经过我测试,很稳定,强力推荐。注意安装全过程必须要有稳定的Internet连接
你需要执行的命令是: 

C:> ppm-shell
(回车出现下一行)
ppm>
ppm> repo add http://bioperl.org/DIST
ppm> repo add uwinnipeg
ppm> repo add trouchelle
ppm> install BioPerl

 

注意看仔细了,别打错字母!
根据小驼书的说法,判断系统上是否已经安装了一个模块,可以尝试使用perldoc命令查看模块的文档。如果能够查阅它的文档,说明已经安装成功了,否则呢,还是自己找一下原因吧!
对于BioPerl来说,我们可以查看其中的一个模块的文档:

perldoc Bio::Seq

 

不要自作主张地写成perldoc BioPerl !找不到的!因为并不存在BioPerl.pm这种模块,它只是一个统称而已。对于Ubuntu用户来说,perldoc这个命令默认没有安装,自己手动把它安装上去即可。
BioPerl安家之后,我们就可以尽情地享受它带来的乐趣。



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