RNAfold的使用方法

RNAfold是预测序列二级结构的软件。
本地版下载地址:

http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/windoze/

在上面网址中还有其他预测结构的软件可供下载。现在主要介绍一下本地下载版的使用方法:
1.不能够双击应用程序,若双击RNAfold.exe应用,只能手动输入序列,而且只能一条一条输入,极其麻烦。
2.应该在Dos环境下,到达应用程序的当前目录。
然后输入命令:
RNAfold.exe  <seq.fasta   >result.txt
其中“<”代表序列以文件形式作为输入,这就允许输入多个序列进行结构预测,而不单单是一个。若没有这个”<”, 则无结果。
“>”代表结果以文件形式输出,最终的预测的结构在result.txt文件中。若没有这个符号,则会输出在dos环境下。
当然还有online服务的网址:http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi



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